Şekil 13: Civciv beyin kesitleri üzerinde uygulanan optik parçalama yönteminin şematik açıklaması. Optik parçalama yöntemi, belli adım aralıklarıyla (x ve y) doku kesiti üzerinde ilerleyerek, her adımda belli bir alanın, üç boyutlu optik sondalarla taranması ile gerçekleştirilir. Üstte, bu adımların yerleşimi gösterilmektedir (Sarı renkli alan hippokampusu temsil etmektedir.). Bu adımlardan, sadece ilgilenilen alan (hippokampus) üzerine isabet edenlerde sayım yapılır. Optik sonda (veya üç boyutlu sayım kutusu; optik disektör sondası) ise, doku kalınlığı içerisinde belli bir kalınlığın, optik olarak taranması ile elde edilir (alt kısımda bu adımlardan birinin ve içindeki optik disektör sondasının büyütülmüş şekli görülmekte). Görüntü üzerine yerleştirilen bir sayım çerçevesi (A), kesit görüntüsü içerisinde optik olarak ilerletildikçe, doku içerisinde sanal bir sayım kutusu oluşturur. Bu kutunun, sayım çerçevesinin yasak kenarları tarafından oluşturulan yüzeylerine değen partiküller sayım dışı bırakılırken, diğer kenarları tarafından oluşturulan yüzeylere değen veya tamamen içinde kalan partiküller sayıma dahil edilir. Disektör sondasını oluşturan sayım çerçevesinin veya sayım alanının, x ve y adımlarından oluşan adım alanlarına bölünmesi ile, o sonda tarafından örneklenen alan oranı bulunur. Optik disektör sondası, kesit yüzeyi artefaktlarından korunmak amacıyla, kesitin alt ve üst yüzeylerinden belli bir mesafe uzakta olacak şekilde ayarlanmalıdır. Bu mesafelere alt (G1) ve üst (G2) güvenlik kuşakları denir. Disektör sondasının yüksekliği (h), sayım çerçevesinin alanı (A) ile çarpıldığında, disektör hacmi elde edilir. Disektör sondası ile örneklenen kalınlık parçası ise, disektör sondası yüksekliğinin (h), kesit kalınlığına (t) bölünmesi ile elde edilir. Pratikte de kesit kalınlığı olarak ortalama kesit kalınlığı değeri kullanılır (bkz. metin).